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11月, 2008の投稿を表示しています

シンポジウム開始

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Wavlet Cross-Correlation

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Wavletをつかって、流速とフラックスのここの分析ができます。また、FFTのようにcross-correlationもできます。Cross-correlationによると、データのパタンの相関がつよければ、相関係数もたかい。これを先ほど紹介した図であらわすとこちらです。まだ手法の勉強中なので、アドバイスなどがあれば助かります。

Fig. 1. Wavelet cross-correlation of z-velocity deviation and flux deviation.

PDFの暗号化

9月末の引越しのため、住所変更等の書類に殺到。とくに、通帳や免許書等のコピーが必要で、いちいちコピーを作るのは面倒。スキャナーでパソコンに取り込んでおこうかなとおもったら、ボスが反対。「個人情報がもれたら」という意見。そのとうりですよね。

そこで、OpenSourceにたより、128bitの暗号をつかって、個人情報のあるPDFを暗号化すれば、安心。

では、その方法を紹介します。

使っているパッケージはpdftkです。pdftkは暗号化だけではなく、PDFの結合や分解などもできます。

# Install pdf tool kit pdftk.
sudo apt-get install pdftk

# Allow printing but protect with default (128-bit) cipher.
pdftk input.pdf output output.pdf \
owner_pw desired_owner_password \
user_pw desired_user_password \
allow printing

ちなみに、暗号のハッキングも可能なので、長くて辞書になさそうなパスワードを使ってください。

Waveletsはカッコイイ!!

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先週末、Kべさん主催の日本バイオロギング研究会のシンポの手伝いで忙しかったが、とてもいい勉強になった。とくに、2日目の勉強会がよかったです。SもとさんのWaveletの話のおかげで、自らWaveletをつかえるようになった。おかげさまで、やっとRで分析が出きるようになった。

ここで、Rて作った二つの図を紹介します。まだ、すべてを理解していないが、見たかった時系列・周波数のパタンがみえた!どちらの図が似ているので、ちょっと安心。Fluxとvelocityはやはり相関関係はたかいからね。
次はWaveletのうえのcross-correlationをすることと、細かい調整だ。

図1. Change in the oxygen flux with respect to time and frequency.


図2. Vertical velocity with respect to time and frequency.

LP-S5000 Ubuntu 8.10

午前中、Ubuntu8.10に更新したあと、なぜかプリンターが動かない。

いろいろ調べてみると、AppArmorとfoomatic-filtersが問題児。

まずは、AppArmorのCUPSプロフィールを解除:

sudo aa-complain cupsd

そのつぎ、新しいfoomatic-filtersをインストール:

wget http://www.openprinting.org/download/foomatic/foomatic-filters-3.0-current.tar.gz
tar xfz foomatic-filters-3.0-current.tar.gz
cd foomatic-filters-3.0*
./configure
make
sudo checkinstall -fstrans=no

Checkinstallのプロンプトがでたら、まず、2: Nameを「foomatic-filters」にする。そのつぎ、3:Versionを「4.1」にする。じつは、Ubuntuのバージョンより高い番号をつかえばいいとおもいます。
これでわたしは上手くいきました。ちなみに、LP-S5000のLinuxドライバーはこちらから:Avasys Corp.

Linuxはあいつらよりいいが、ときどきイライラするね。

AGU Newsletter

American Geophysical Unionの会員です。そのため、EOSというニューズレターが週に2回郵送されます。ニューズレターの内容は主に地理学や陸水海洋学、そして宇宙の科学に関係のある記事が記載されています。あまり、生物を研究している人にはおもしろくないかもしらないが、ニューズレターの4割はポスドックや常勤のポスト(テニュアトラック)の求人が記載されているので、読む価値はあるとおもいます。求人はおもにアメリカの研究機関からですが、ドイツやフランスからの求人もあります。また生物学や生態学に関する求人もあるので(たとえば、MBARIやWoods Hole)、おすすめします。

センターの雑誌ラックにおいています。

168時間もかかりました

海藻の生理学的過程と水の流れの関係を調べることにより、栄養の供給のメカニズムや群落の分布・密度などを明らかに出きるんではないかと考えています。しかし、今の技術では流れをみるためには金や労力が必要なので、ひとりでやるなは大変です。そこで、最近パソコンにたよって、数値モデルをつくり、水はどうやって海藻のまわりをながれているのかをシミュレーションでしらべています。

はじめて、このようなことをしているので、勉強不足のところがあるとおもいますが、とりあえずシミュレーションをできるようになった。

この動画は二つのCPUをつかって、168時間もかかり、データファイルは200GBほどとなった。

ちなみに、モデルはBlenderというソフトでつくりました。シミュレーションはGerrisで。モデルはトゲキリンサイという紅藻類です。藻体の表面から流れだしているのはトレーサです。墨かなんだかの色素が流れ出しているだと思ってください。赤い場所は濃度の高いところ。青は濃度が0に等しい。

ちょっとやり方をかえないといけないなと思っています。

講義してきました。

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きょう、K野先生の講義から90分もらって、藻類と流れの話をして、自分の研究室を紹介した。90分って長いですね。最初と最後の15分、学生をグループにわけて、流れについて問題をだしといてもらった。それいがい、できるだけわかりやすく流れと藻類の話をしたが、理解してもらったかどうかはわからない。みんなポーカーフェースですからね。

内容として、はシンプルだとおもったが、どうでしょう。数式はレイノルズ数の式いがい、ださなかった。数字自体も最小限に。動画いっぱい、画像いっぱい、図もいっぱいだして、丁寧に説明したつもりです。数人がねるほど、丁寧にしゃべった。

久しぶりにつかれました。

機会をくれたK野先生に感謝しています。

次期大統領

来年からはMR. ObamaはMr. Presidentとよばれるそうですね。今の時点であと40票しかないが、338対159でObamaの勝ちだね。

ちなみに、来年からSenateとHouseも民主党が半数以上獲得しているので、力のある政権ににりそうです。

期待していいのかな。